Shërbimi doganor deri në vitin 1991 ka funksionuar në kuadër të ish-RSFJ-së. Pas pavarësisë së Republikës së Maqedonisë, Kuvendi i Republikës së Maqedonisë më 14 prill 1992 miratoi Ligjin Doganor, me të cilin u themelua Drejtoria e Doganave e Republikës së Maqedonisë, e cila nga ai moment fitoi sovranitet dhe kontroll mbi të gjithë territorin doganor të Republikës së Maqedonisë.
Kjo ditë – 14 prilli, festohet çdo vit si Dita e Doganës.
Në vitin 2022, me rastin e 30 vjetorit, u botua publikimi “Monografia, 1992 – 2022”, ndërsa kryetari i shtetit Stevo Pendarovski dekoroi Drejtorinë e Doganave me Dekoratën për 30 vjet kontribut themelor dhe të paçmuar në mbrojtjen e shoqërisë dhe modernizimin dhe zhvillimin e ekonomisë duke përfaqësuar dhe realizuar interesat financiare të shtetit dhe të qytetarëve të shtetit.
Linku deri te monografia: Monografia në shqip