Секторот за професионална одговорност врши работи кои се однесуваат на контрола во организационите единици на Царинската управа во врска со пропишаните постапки и надлежности во согласност со Закон, подзаконски акти и оперативни инструкции, работни задачи, права и одговорности. Секторот има превентивно делување, откривање и елиминирање на корупција, непрофесионално однесување, неправилно раководење, злоупотреби, измами и причинети штети.
Секторот работните задачи од својот делокруг ги извршува преку:
- Одделение за внатрешна контрола;
- Одделение за внатрешни истраги.
- Одделение за интегритет.
Контакт (генерлен контакт од секторот – фиксен телефон)