Puna e fushëveprimit të Drejtorisë së doganave kryhet përmes njësive themelore organizative. Njësitë themelore organizative janë: Sektorët dhe Degët doganore. Njësitë e brendshme organizative janë: seksionet, shërbimet, zyrat doganore dhe pikat doganore.

Puna e Drejtorisë së doganave kryhet përmes 5 degëve doganore. 9 sektorëve dhe 4 seksioneve të pavarura