Секторот за контрола и истраги врши работи  кои се однесуваат на спроведување мерки и активности за откривање и криминалистичко истражување на кривични дела, спречување на натамошни последици на кривични дела, фаќање и пријавување на нивните сторители и обезбедување на докази како дел од правосудната полиција. Секторот за контрола и истраги врши дополнителна контрола на трговски друштва и трговци - поединци преку проверка на постоење, веродостојност и точност на документите, преглед на деловни книги и други евиденции, преглед на стока, земање на мостри и спроведување на службени постапки и други слични дејствија во поглед на запазување на царинските прописи и на други прописи кои важат за стока која е предмет на царинските постапки за пуштање на стока во слободен промет, транзит, извоз, увоз за облагородување, преработка под царинска контрола, привремен увоз, извоз за облагородување, царинско складирање, поедноставени постапки, повластен тарифен третман за одредена стока заради нејзиниот вид или крајна употреба и врши контрола на овластените царински застапници, контрола на примената на Законот за акцизите при прометот и употребата на акцизни добра пуштени во акцизно–правен слободен промет кај трговци на големо, малопродажни објекти, угостителски објекти и слично.

Секторот работните задачи од својот делокруг ги извршува преку:

  • Одделение за истраги;
    • Служба за борба против економски криминал;
    • Служба за борба против криумчарење;
  • Одделение за разузнавање;
  • Одделение за управување со ризик
    • Служба за управување со ризици;
    • Служба за аналитика и статистика;
  • Одделение за контрола на трговски друштва;
  • Одделение за оперативни работи;
    • Служба за мобилни тимови;
    • Службата за мобилен скенер.