Секторот  за царински систем врши работи кои се однесуваат на следење и анализирање на царинските, даночните, надворешно - трговските, девизните и другите прописи кои се применуваат во царинската постапка, градење на царинскиот систем и политика; подготвување нацрти на прописи, подготвување оперативни упатства за постапување на царинските органи при примената на прописите во царинската постапка, изготвување одобренија и решенија за постапки со економски ефект и поедноставени постапки, соработка со други органи и организации за прашања од примена на прописите во царинската постапка, учествување во меѓународни преговори од областа на царинското работење.

Секторот работните задачи од својот делокруг ги извршува преку:

  • Одделение за царински и даночни постапки;
  • Одделение за гранични и транзитни формалности;
    • Служба за гранични и транзитни формалности:
    • Служба за испитна постапка и наплата на царински долг во транзит
  • Одделение за царинска тарифа, тарик, потекло и вредност на стоки;
    • Служба за царинска тарифа и тарик;
    • Служба за потекло и царинска вредност на стоки.
  • Одделение за царинска лабораторија.